临床诊断中大多数乳头状腺瘤经直肠指检、直肠镜或结肠镜检发现。由于腺瘤很软，而直肠指诊时腺瘤很软，需仔细检查，否则容易被忽略。发现乳头状腺瘤要进行仔细扪诊全腺瘤，质地均匀而很软的，属良性结构的可能性较大。扪及乳头状腺瘤有小结节及质硬者须高度警惕癌变的可能。扪诊检查乳头状腺瘤有否癌变的早期诊断有一定的可行性。扪诊不十分清楚的乳头状腺瘤可经直肠镜、乙状结肠镜及结肠纤维窥镜检诊。为确定肿瘤有无癌变可能，须在腺瘤表面及基底不同部位采取组织做活检。